1991年成立惠州市残联，属市民政局的一个内设机构。5月份，成立惠州市残疾人福利基金会，市政府给予注册资金10万元。基金会于91、92年举行了两次较大规模的募捐，筹集资金80多万元。

1993年5月，市残联从市民政局单列，直接当市政府管理。副处级建制，人员编制5名，经费由市财政核拨。叶振龙任理事长，张木林任副理事长。

1994年7月，市编委批准成立惠州市残疾人劳动就业服务部。给予编制3名，经费由市财政核拨。惠州市作为全省、全国按比例分散安排残疾人就业工作试点，在惠阳区开展试点。

1995年，全市全面铺开分散按比例安排残疾人就业工作。

1996年5月，惠州市政府同意成立简易残疾人康复中心。惠州市政府颁布了《关于加强分散按比例安排残疾人就业的决定》。8月，香港旭日集团为全市重度肢体残疾人捐赠轮椅851部。年底，各县（区）残联全部实行单列。归口当地政府管理，正科级建制。

1997年3月，举办了惠州市第一届残疾人事业好新闻评选活动。投入122万元购买市残疾人劳动就业培训基地，面积482.39平方米。5月，召开全市残疾人就业工作会议。9月，中国南通残疾人艺术团来惠演出，共103场。

1998年7月，市残联换届选举，召开第三次代表大会。选举主席团委员，副市长叶月坚任市残联主席，叶振龙任理事长，张木林任副理事长。8月，邀请市人大执法检查组对残疾人保障法执行情况进行检查，惠州市政府颁布《惠州市保障残疾人权益的待遇规定》。年底，全市乡镇、街道（办事处）全部成立残联，做到有机构、有办公场地、有专（兼）职干部。

1999年6月，张彩堂任市残联理事长。全市全面开展残疾人扶贫工作。有1276户残疾人贫困户脱贫。

2000年初，市委、市政府将兴建惠州市残疾人康复中心列入为民办十三件实事之一。同意为兴建残疾人康复中心举行全市性募捐活动，并收到募捐款270万元。5月，成立了中共惠州市残疾人联合会党组。市残联由副处级升格为正处级单位。内设机构有办公室、康复部、教育就业部。我市获得“全省残疾人扶贫解困工作先进单位”荣誉称号。

2001年9月，市编委批准成立惠州市残疾人康复中心。正科级事业单位。编制14名，其中财政核拨经费10名，自筹经费4名。投入600万元购买东平东湖综合楼一至六楼作为康复中心办公用房，面积3250平方米。机构康复中心首次招收23名残疾儿童开展聋儿康复训练。我市获得“全国分散按比例安排残疾人就业工作先进单位”及“全省分散按比例安排残疾人就业工作先进单位”荣誉称号。

2002年初，中残联主席邓朴方视察惠州。3月继续投入300多万元，将东湖综合楼七至十楼买下，致使市残疾人综合服务设施总建筑面积5600平方米。4月份和8月份，中国残疾人艺术团和省残疾人艺术团分别莅惠演出，均取得圆满成功。5-7月份，开展“南粤助残工程”活动，全市筹集募捐款170多万元。10月，市委给市残联领导班子配备了一名优秀残疾人。9月，举办了市第三届残疾人运动会，全年共安排残疾人就业230名，帮助扶持残疾人个体就业196名，收取就业保障金526万元。

2003年7月，市政府同意从今年开始，从市直收取的就业保障金中划拨20%用于残疾人扶贫工作。召开了市残联第四次代表大会。顺利地完成了换届工作，聘请了第四届主席团名誉主席和副主席，成立了五个残疾人协会组织。全市7个乡镇开展农村社区康复试点工作。9月，经市编委同意，重新确定了市残联机关的机构、级别及人员编制数；下属有市残疾人康复中心、市残疾人劳动就业培训中心两个正科级事业单位，以及按市场化管理的市残疾人用品用具供应站。龙门县举办了全省首次县级残疾人运动会。

2004年3月，召开了市残联第四届主席团第二次会议暨全市残联工作会议。5月，市人大执法检查组对近几年来我市贯彻实施《中华人民共和国残疾人保障法》、《广东省分散按比例安排残疾人就业办法》等法律法规进行了检查。我市创作了全国第一首为残疾人所作的歌曲《拥有一样的天地》。6月，全国社区康复工作会议上介绍了农村社区康复工作经验。残疾人就业方面创办了集中管理、集中培训、集中就业的“侨兴”模式。10月，市政府正式批准了将残疾人就业保障金纳入地税代征范围。全市创办了农村残疾人培训扶贫基地6个。11月，通过了《政协惠州市委员会主席会议关于以人为本实施我市精神残疾人“解锁”工程的议案》。12月，惠州市残联与新疆哈密地区残联建设好单位。

2005年3月，召开市残联四届主席团三次全会及工作会议。5月，惠州市政府颁布第29号政府令《惠州市残疾人就业保障金征收管理规定》，就业金正式纳入地税征收。“全国助残日”期间举办了全市首届残疾人劳动就业供需招聘会。全市60个乡镇开展了农村社区康复工作。投入80万元为122名被“关锁”的精神病残疾人进行了“解锁”治疗。开展第二次全国残疾人抽样调查的各项准备工作。全市残联系统开展了保持共产党员先进性教育和残疾人工作者职业首选教育活动。经市政府同意，惠州市残联援助新疆哈密地区残联经费30万元，兴建惠哈残疾人康复中心。创办了《自强之音》报。